建设工程合同纠纷可以申请仲裁，但是需要双方达成仲裁协议。根据《仲裁法》第四条规章，当事人采用仲裁方法解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。第十六条第二款规章，仲裁协议应当具有下列内容：
（一）请求仲裁的意思表示；
（二）仲裁事项；
（三）选定的仲裁委员会。第二十一条规章，当事人申请仲裁应当符合下列条件：
（一）有仲裁协议；
（二）有具体的仲裁请求和事实、理由；
（三）属于仲裁委员会的受理范围。
法律依据
《仲裁法》第四条当事人采用仲裁方法解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。《仲裁法》第十六条仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方法在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。仲裁协议应当具有下列内容：
（一）请求仲裁的意思表示；
（二）仲裁事项；
（三）选定的仲裁委员会。